Карьеру футболиста начал в 1999 году за клуб египетской премьер-лиги «Аль-Масри».

Вскоре семья Мохаммеда эмигрировала в Данию. Тогда жеЗидан подписал контракт с датским клубом «АБ», за который играл следующие четыре года. В сезоне 1999/2000 ему не нашлось место в основном составе. С 2001 года Мохаммед наконец получил место в основном составе «АБ». В июле 2003 года клуб «AБ» терпел серьезные финансовые трудности, из-за которых Зидан был продан в другой клуб «Мидтъюлланн» также из Дании.

В сезоне 2003-2004 его посчитали лучшим новобранцем года, а в следующем сезоне он был признан уже лучшим игроком Суперлиги Дании.

В 2005 году от отправился играть в Германию, где подписал контракт с клубом немецкой Бундеслиги «Вердер». В основе ему играть не удалось, и на сезон 2005-2006 его отправили в аренду в клуб «Майнц 05», и в составе этой команды он принял участие в первом раунде Кубка УЕФА. Потом вернулся обратно в «Вердер», где достойно играл летом 2006 года, но был вынужден прекратить выступления из-за травмы. После восстановления места в основной команде ему найти не удалось. Поэтому в 2007 году его продали за 3 миллиона евро в клуб «Майнц 05».

Там он успешно играл и забил 6 голов за 5 матчей, после чего был признан лучшим игроком за февраль 2007 в немецкой Бундеслиге. Сезон 2006-2007 его команда провалила, заняла только 16 позицию, после чего была вынуждена перейти во второй дивизион.

В июнле 2007 года был куплен клубом «Гамбург» за 5 миллионов евро. С ним он подписал контракт на 4 года. В составе «Гамбурга» зовевал Кубок Интертото в 2007 году.

В августе 2008 года отправился играть в дортмундскую «Боруссию». Дебют этого футболиста состоялся 23 августа в матче против мюнхенской «Баварии». Тогда он забил первый гол забил в ворота команды «Вердер», а матч закончился со счётом три-три

Сборная Египта

За своей страны высупает с 2005 года. Принимал участие в Кубке африканских наций в 2008 году, тогда его сборная выиграла первый приз. А тот гол, который он забил на групповом этапе в игре со сборной Камеруна, специалисты признали лучшим на турнире.

Принимал участие в играх в Кубке Конфедераций 2009 года. Активно забивал за свою команду, хорошо вписывался в общую схему игры.

В играх за Египет стал обладателем Кубка африканских наций в 2010 году.

Достижения

В 2008 и 2010 годах становился обладателем Кубка африканских наций

В 2006 году стал обладателем Кубка немецкой лиги

В 2008 году стал обладателем Суперкубка Германии

В 2007 году стал обладателем Кубка Интертото

В сезоне 2004-2005 стал лучшим игроком чемпионата Дании

В 2011 Чемпионство Германии