Марцел Шмельцер стал играть в футбол еще в своём родном Магдебурге, тренируясь сначала в «Фортуне», а потом и в одноимённом клубе «Магдебург». Когда ему было 17 лет, его заметила дортмундская «Боруссия» и пригласила в свою молодёжную команду.

В 2008 году он уже подписал профессиональный контракт с «Боруссией». Шестнадцатого августа 2008 года он впервые дебютировал в Бундеслиге, на выездном футбольном противостоянии команд 1го тура против леверкузенского «Байера», которые завершился непростой победой дортмундцев со счётом 3:2. Марцель смог выйти на замену только на 78-й минуте, вместо Деде.

В своем первом сезоне он провел лишь 12 матчей, во втором, стал игроком основы и сыграл уже 28.

Чемпион Европы среди молодёжных команд 2009

В 2011 году Чемпион Германии